1568-ban a Tordai Országgyűlésen kimondták a vallásszabadságot, ezzel Erdélyben 4 vallást (katolikus, evangélista, református, antitrinitárius) ismertek el hivatalosan. 1568-ban a tordai országgyűlés Európában példa nélküli határozata pedig elrendelte, hogy vallási nézetei miatt senkit üldözni nem szabad.

A reformáció új szakasz nyitott a kulturális fejlődésünkben is: iskolák, nyomdák nyíltak, sok fiatal magyar tanult híres külföldi egyetemeken, megindult a magyar irodalmi nyelv kialakulása, fejlődése. A reformáció hatására a moi. protestánsok aránya 75% fölé került, és sehol Európában nem terjedt el ennyire sok protestáns irányzat.

1619-ben II. Ferdinánd hatalomra kerülésével azonban Magyarországon is megindult az ellenreformáció, aminek szellemi vezetője Pázmány Péter, esztergomi érsek volt. Az ellenreformáció végére Magyarország ismét katolikus többségűvé vált.